Baptisée du nom de la ville ibérique de la province de Badajoz connue du temps des romains comme la Emerita Augusta, et considérée plus tard comme la Rome espagnole, Mérida, capitale de l'état du Yucatán fut fondée le 06 janvier 1542 par Francisco de Montejo fils. Ce n'était pas, loin s'en faut, la première fois que l'on fondait une capitale au Yucatán : le père Montejo, 15 ans plus tôt, fut forcé de quitter son établissement de Chichén Itzá sous la pression des Indiens. Il retourna en Espagne, reçut une pension royale pour la conquête du Yucatán et se consola en épousant une riche veuve. Mais le temps était du côté des Espagnols. Le second Montejo attendit son heure et lança, de la ville de Campeche qu'il avait fondée en 1540, une seconde invasion. Sa campagne fut exemplaire ; la plupart des chroniqueurs s'accordent pour raconter comment 400 Espagnols déterminés écrasèrent et mirent en déroute les 40 000 soldats indiens bien armés rassemblés autour de la vieille cité maya de Tho ou Tiho. Cette bataille homérique eut lieu à l'endroit précis où s'élève actuellement la Cathédrale de Mérida. Si la conquête du Yucatán fut, de ce jour, assurée, elle prit 155 ans avant d'être complètement achevée, tant était grande la soif de liberté des Mayas.
La capitale de Mérida sa situation géographique en fait une ville au climat relativement chaud (26°C de moyenne sur l'année) mais agréable. La nature y est riche et abondante. Les Mexicains l'appellent la cité "blanche" pour sa propreté, qui n'est pas aussi immaculée qu'avant mais qui est encore notable dans le centre-ville notamment.
Cette ville "blanche" présente une architecture coloniale classique. Dans le centre historique, en face de la place de l'Indépendance, se trouvele Palais du Gouverneur qui fut inauguré le 15 septembre 1892. Ce bâtiment est de style néoclassique et abrite plusieurs peintures murales du Yucatèque Fernando Castro Pacheco (1886-1966). Elles sont considérées comme les plus importantes de l'état. Ces peintures expriment la vie et l'histoire du peuple maya, depuis l'époque de la Conquête jusqu'à la guerre des castes.
